中華民國90年4月26日行政院台90孝授三字第03882號令訂定發布全文14條
中華民國93年11月19日行政院院授主孝三字第0930007299B號令修正發布第2、3、6、12條條文

第一條　為辦理農業生產因天然災害受損之現金救助、補助或低利貸款，特依農業發展條例第六十條第三項規定，設置農業天然災害救助基金（以下簡稱本基金），並依同條項及預算法第二十一條規定，訂定本辦法。
第二條　（刪除）

第三條　本基金為預算法第四條第一項第二款所定之特種基金，隸屬於農業特別收入基金項下，編製附屬單位預算之分預算，以行政院農業委員會（以下簡稱農委會）為主管機關。

第四條　本基金之來源如下：

一、由政府循預算程序之撥款。

二、本基金之孳息收入。

三、其他有關收入。

第五條　本基金之用途如下：

一、辦理農業生產因天然災害受損之現金救助、補助或低利貸款。

二、對於農業行庫及農、漁會提供資金辦理前款低利貸款所需之利息補貼。

三、辦理災情查報、實地勘查及抽查所需之費用。

四、管理及總務支出。

五、其他有關支出。

第六條　本基金之收支、保管及運用，由農業特別收入基金管理委員會辦理之。

第七條　本基金之保管及運用應注重收益性及安全性，其存儲並應依國庫法及其相關法令規定辦理。

第八條　本基金為應業務需要，得購買政府公債、國庫券或其他短期票券。

第九條　本基金所需工作人員，由農委會現職人員派兼之。

第十條　本基金有關預算編製與執行及決算編造，應依預算法、會計法、決算法、審計法及相關法令規定辦理。

第十一條　本基金會計事務之處理，應依規定訂定會計制度。

第十二條　本基金年度決算如有賸餘，以累積賸餘處理。

第十三條　本基金結束時，應予結算，其餘存權益應解繳國庫。

第十四條　本辦法自發布日施行。