全國農業金庫因96年所投資之金融商品，於97年產生超過百億元虧損，嚴重衝擊農漁會股東權益，又遭逢98年金融海嘯的影響，處境艱難，爰該金庫於98年6月股東常會通過辦理減、增資百億元決議。
農委會為促成該金庫儘速完成增資，除率先出資40億元認購增資股票外，農委會農業金融局並自98年2月起，會同該金庫逐一拜訪323家農漁會股東，陸續參加16場次於各縣、市舉辦之「農漁會輔導業務聯席座談會」等，充分說明虧損原因，化解基層金融體系之不滿情緒，及洽邀參與認購增資股票。經農漁會的大力支持，該金庫已於98年12月順利完成增資並完成董事、監察人改選。
該金庫在劉董事長松齡、蘇總經理松輝新經營團隊的帶領經營下，除積極改善內部控制內部稽核制度、推動授信業務、加強風險控管，於98年度轉虧為盈，創造12億元的盈餘外，並協助農漁會信用部辦理消費券兌付作業，爭取擔任代收國民年金保險費之主辦行，轉委託信用部辦理等，發揮金庫為信用部上層銀行之功能。
農委會將持續督導該金庫穩健經營、積極輔導信用部及為農漁會爭取新種業務，全力推動農業金融體系發展。