全國農業金庫從事投資業務未確實執行銀行內部控制及稽核制度，經行政院農委會農金局於97年10月6日依農業金融法第47條規定，核處罰鍰新臺幣600萬元。
農委會農金局依據行政院金融監督管理委員會對該金庫財務部辦理專案檢查所提缺失，認為全國農業金庫涉及違反農業金融法準用銀行法第45條之1規定，經請該金庫陳述意見並補充說明後，審查認定該金庫相關人員有提報不實交易資訊、逾越交易權限及未盡善良管理人注意義務等缺失，違反內部控制及稽核制度情節重大。
全國農業金庫之主要缺失，為該金庫於96年間所從事之金融商品交易違反內部控制及稽核制度，例如96年5月購買玉山銀行發行之受益證券及同年12月購買雷曼兄弟集團發行之信用連結債券，未提報內部會議審議或提報資料不實逕予投資，及投資嵌入式衍生性金融商品，未定期提報董事會，俾適時掌控經營風險，明顯違反法令及內部規定等。
農委會農金局表示除依農業金融法第47條規定，裁處600萬元罰鍰外，並已要求該金庫追究相關失職人員責任。