標題	計劃年度
美洲大赤魷漁海況暨資源研究 (100)	2011
南太平洋長鰭鮪年齡成長暨印度洋長鰭鮪資源評估研究 (100)	2011
北太平洋長鰭鮪資源評估研究 (100)	2011
南大西洋長鰭鮪資源評估研究 (100)	2011
北太平洋劍旗魚與大西洋黑皮旗魚資源指標變動與環境因子關係研究 (100)	2011
南方黑鮪之年齡成長與其生態研究 (100)	2011
印度洋劍旗魚以及南方黑鮪資源研究 (100)	2011
北太平洋劍旗魚與紅肉旗魚及太平洋與大西洋黑皮旗魚資源研究 (100)	2011
印度洋熱帶鮪類(大目鮪及黃鰭鮪)歷史資料檢視暨CPUE標準化研究 (100)	2011
大西洋熱帶鮪類(大目鮪及黃鰭鮪)歷史資料檢視暨CPUE標準化與太平洋黑鮪資源研究 (100)	2011
澎湖寒害對漁業之衝擊後續監測及預警體制之建立	2010
台灣沿海及離島地區海洋生物多樣性時空分布資料庫之建置與整合	2010
定置網漁場生物多樣性及其豐度變動之研究	2010
人工魚礁漁業效益調查及可行性評估	2010
評估八八風災部分養殖魚類流入西南海域對沿海生態之影響	2010
漁船溫室氣體排放估算及建立清冊之研究	2010
候變遷對鰻苗資源影響之研究	2010
氣候變遷對台灣周邊海域基礎生產力影響監測	2010
海上牡蠣養殖設施改善及研發	2010
強化漁會組織管理資訊整合與安全管理之應用	2010