標題	計劃年度
印度洋長鰭鮪之年齡成長研究 (二)	2006
太平洋關鍵漁區大目鮪族群結構之研究	2006
太平洋大目鮪、黃鰭鮪、正鰹資源評估研究	2006
應用臺灣鮪延繩釣漁業漁獲統計資料估計大西洋黑皮旗魚與紅肉旗魚之資源量指標	2006
改善我國延繩釣漁業捕獲大西洋和印度洋大目鮪之資源評估與指標研究 (一)	2006
大西洋長鰭鮪資源指標與漁海況關係研析暨印度洋區劍旗魚漁海況與資源動態學之研究（一）	2006
南方黑鮪的年齡成長及洄游環境史之研究與魚類定齡中心之設置	2006
西北太平洋秋刀魚資源之月別變動、空間相依性及體型組成分析	2006
赤魷資源量的模式分析	2006
阿魷之年級群強度及其群密度之空間組態	2006
臺灣週邊海域水母棲息生態及防治移除方法之研究	2006
沿岸三浬內底拖效益之調查與評估 II	2006
高屏峽谷海域減少拖網漁業混獲以提升資源保育之研究 (二)	2006
臺灣沿近海域火誘網漁業資源之調查評估	2006
評估?鱙資源之漁後殘存量及漁業混獲特性之研究	2006
鯨鯊漁業生物學及洄游路徑研究Ⅱ	2006
台灣沿近海小型鯊魚資源之調查及評估	2006
瀕危或保育類海洋生物之研究	2006
台灣海域基礎生產力之研究	2006
台灣沿近海域漁業地理資訊系統建立與應用之研究	2006