標題	計劃年度
魚苗標誌試驗及放流效果評估	2006
沿近海經濟性藻類培育及開發利用之研究	2006
台灣東部海域飛魚資源之調查研究	2006
台灣東部翻車魚資源變動及洄游路徑研究	2006
臺灣近海白皮旗魚資源研究	2006
台灣河口域魚苗資源的生活史特徵及棲地利用之研究	2006
漁業資源評估管理及利用研討會	2006
沿近海漁業資源合理利用及管理之研究	2006
台灣沿海及離島地區海洋生物多樣性時空分布資料庫之建置與整合 (II)	2006
澎湖地區潮間帶生物多樣性之生態與物種調查研究(三)	2006
臺灣定置網漁場生物多樣性及其豐度變動之比較研究	2006
臺灣特有種海水種魚類分布與現況調查 (II)	2006
台灣海域珊瑚礁分布及珊瑚多樣性調查研究 (II)	2006
珊瑚礁海域復育策略II	2006
台灣沿海、綠島及蘭嶼海洋生物多樣性之調查研究 (III)	2006
龜山島週邊海域生物多樣性之研究	2006
小琉球海域生物多樣性之研究	2006
沿岸特有生態海域生物多樣性之調查及永續利用	2006
臺灣北部週邊海域水產生物重要棲地系統建置	2006
海藻植物油之研發	2006