1. 每年3月1日至10月31日止，禁止於距岸3浬內海域、潮間帶及河口水域以任何方式捕撈鰻苗。但有下列情形之ㄧ者，不在此限：
   (1)於花蓮縣、臺東縣海域、潮間帶及河口水域捕撈鰻苗。
   (2)基於學術研究目的，經中央主管機關核准。
2. 於未禁止捕撈期間捕撈鰻苗者，應遵守依國家公園法、野生動物保育法、文化資產保存法、漁業法及其他法令訂定保育區、禁漁區之規定。
3. 違反規定者，依漁業法第65條第5款規定，核處新臺幣3萬元以上15萬元以下罰鍰。

除了管制鰻苗捕撈，讓部分鰻苗得以溯河洄游成長，增裕鰻魚資源外，為了讓成鰻降河產卵，同時輔導13直轄市及縣（市）政府公告轄屬至少一條河川之中下游流域，全年禁止以任何方式捕撈鰻魚，尤其宜蘭縣更公告全縣境內河川全流域禁止捕撈鰻魚，以進行鰻魚棲地保護工作。