一、琉球水產動植物繁殖保育區之位置範圍、保育對象:
(一)西北分區:

1.範圍:自老人會館起(點D1 22°21'19.38"N  120°22'51.72"E )至杉福漁港(點D2 22°20'31.20"N  120°21'46.32"E)止。以高潮線起向外延伸200公尺，扣除箱網養殖區(L1-L8)及杉福潮間帶保育示範區(A1-A5)及肚仔坪潮間帶保育示範區(A-D)所圍之海域。
2.保育對象:龍蝦、馬尾藻、海膽、珊瑚礁魚類及其他水產動物(洄游性魚類除外)。
(二)潮間帶保育區示範圍:
1.杉福潮間帶保育示範區範圍:杉福潮間帶由A1-A5所圍之區域。
2.漁埕尾潮間帶保育示範區範圍:漁埕尾潮間帶由A-F所圍之區域。
3.肚仔坪潮間帶保育示範區範圍:肚仔坪潮間帶由A-D所為之區域。
4.保育對象:所有水產動物(包含硨磲貝)及馬尾藻。
(三)環島分區:
1.範圍:琉球全島沿岸高潮線起向外延伸200公尺扣除西北分區、箱網養殖區及杉福、漁埕尾、肚仔坪潮間帶保育示範區之範圍。
2.保育對象:龍蝦、海膽及馬尾藻。
二、琉球新漁港、小琉球漁港、漁福漁港、天福漁港、杉福漁港極其航道範圍，業經本府相關管理及限制事項者，從其規定。
三、車城水產動植物保育區之位置範圍、保育對象:
(一)範圍:車城鄉竹坑滿豐定置漁場碼頭(點A)至海口港右側燈塔(點B)間，以高潮線起向外延伸200公尺之海域。
(二)保育對象:九孔、龍蝦、紫菜、石花菜。
四、限制事項
(一)琉球水產動植物繁殖保育區及車城水產動植物繁殖保育區除經主管機關核准之學術研究及管理單位人員外，禁止於保育區範圍內以任何方式採捕(含徒手)保育對象或破壞棲息地環境之行為。
(二)琉球水產動植物繁殖保育區潮間帶保育示範區:
1.進入潮間帶保育示範區者，應經本府之許可。
2.未經本府認證合格之解說人員帶領不得進入，經主管機關核准之學術研究及管理單位人員除外。
3.同一時間進入人數各潮間帶保育示範區以300人為限，且僅限進入本府劃設之人員行走之路線水域(以浮球或其他方式標識適當路線)。
4.開放或禁止進入日期時間:
(1)每年12/1至翌年3/31之休養期:禁止所有人員進入(當地居民及經本府同意研究人員除外)。
(2)每年4/1至同年6/15之繁殖期:夜間(下午8時至翌日上午5時)禁止所有人員進入(經本府同意研究人員除外)，以確保水產生物繁殖。
(3)每年6/16至同年11/30:夜間(下午8時至翌日上午5時)從事解說或導覽應以紅光燈進行，以減少對水產生物之干擾。
(4)因發布颱風、海嘯警報或有其他特殊情形，本府為維護民眾安全，必要時得禁止其進入。
5.禁止攜帶犬、貓等寵物進入。
6.本府得視保育成效或管理需要，調整潮間帶保育示範區域，必要時得調整進入人數或禁止所有人員進入。