| 宜蘭縣 |
基隆市 |
新北市 |
- 蘇澳漁業資源保育區
- 頭城漁業資源保育區
- 東澳水產動植物繁殖保育區
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- 基隆市水產動植物保育區
- 基隆市望海巷潮境海灣水產動植物繁殖保育區
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- 貢寮水產動植物繁殖保育區
- 萬里水產動植物繁殖保育區
- 瑞芳水產動植物繁殖保育區
- 野柳水產動植物繁殖保育區
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| 苗栗縣 |
彰化縣 |
屏東縣 |
- 灣瓦海瓜子繁殖保育區
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- 伸港螻蛄蝦繁殖保育區
- 伸港(二)螻蛄蝦繁殖保育區
- 王功螻蛄蝦繁殖保育區
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- 琉球水產動植物繁殖保育區
- 車城水產動植物繁殖保育區
- 國立海洋生物博物館資源培育區
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| 台東縣 |
花蓮縣 |
澎湖縣 |
- 富山漁業資源保育區
- 小馬漁業資源保育區
- 小港漁業資源保育區
- 宜灣漁業資源保育區
- 綠島漁業資源保育區
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- 鹽寮保育區
- 水璉保育區
- 高山保育區
- 小湖保育區
- 豐濱保育區
- 石梯坪保育區
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- 小門水產動植物繁殖保育區
- 七美水產動植物繁殖保育區
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| 金門縣 |
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- 金門古寧頭西北海域潮間帶鱟保育區
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