一、為健全大陸船員管理制度，建立保證機制，使兩岸漁船船員勞務合作秩序正常化，政府透過海基、海協兩會制度性協商，於98年12月22日「第4次江陳會談」簽署「海峽兩岸漁船船員勞務合作協議」，建立兩岸漁船船員勞務合作機制，維持「境外僱用、境外作業、過境暫置」政策。
二、協議簽署後，漁船主僱用大陸船員需透過我方仲介機構向大陸經營公司要求外派，透過兩岸經營主體（大陸經營公司及我方仲介機構）簽訂勞務合作契約，以及漁船主與船員簽訂勞務契約，經營主體需負起相對連帶保證責任，以保障船主與船員權益。透過協議簽署，要求大陸方面外派船員應負起篩選責任，已確實減少挾持、船員脫逃等不法情事發生。
三、農委會已核准15家仲介機構，其中有中華民國全國漁會、瑞芳、馬祖及澎湖等4家漁會，遠洋鮪延繩釣漁船、遠洋魷魚暨秋刀魚漁船及鮪延繩釣等3家公（協）會，與凱聖漁業有限公司等8家公司，受委託向大陸經營公司引進大陸船員，並公告8家大陸指定船員外派經營公司。
四、自99年3月21日協議生效後，近海漁船主依新制度透過仲介機構引進之大陸船員累計29,523人次；113年10月底仍受僱我漁船主之大陸船員人數為389人。