漁業署表示，自由時報4月14日李武忠教授論述「吳郭魚見證親中後果」一文，與事實有出入，該署稱吳郭魚具有養殖技術門檻低，成長快速、活存率高等特性，業已被國際列為海洋蛋白質重要來源之ㄧ。因此，國際糧農組織(FAO)早期即派專家在亞洲、非洲、中南美洲落後地區大力推廣吳郭魚養殖，中國大陸自1978年7月即開始引種養殖，由於大陸擁有豐沛的水土資源，且無台灣養殖環境地層下陷問題，多年來大陸吳郭魚生產量已成為全球第一。

　　漁業署說明，美國為全球最大吳郭魚進口市場，2000年至2002年台灣吳郭魚在美市場佔有率曾達6成以上。中國大陸於1998年初開始出口冷凍吳郭魚至美國，之後快速成長，挾其低養殖成本優勢，自2003年起即為美國冷凍吳郭魚之首要供應者。惟為提升吳郭魚國際競爭力，該署積極輔導業者建立「優質、安全、安心」品牌，並輔導業者參加國際性海產展爭取國際訂單。

　　漁業署最後說明，ECFA主要內容為關稅、投資及智慧財產權等議題，漁產品並不列入談判，絕無進一步開放或降稅情形，同時為保障我國研發成果避免技術外流，禁止種苗等65項漁產品赴大陸投資，防止關鍵性技術外流，同時更積極與對岸洽商智慧財產權保護措施。漁業署亦呼籲民間避免關鍵技術流向大陸，維持我國農漁業競爭優勢，維護產業永續發展。