針對媒體報導有部分人士擔憂ECFA對台南石斑魚產業的衝擊案，漁業署表示，石斑魚為國內重點養殖魚種，並已列入農委會「精緻農業健康卓越方案」，及逐年推動相關措施，展望在102年達到石斑魚產值倍增目標，因此首先在97年5月30日鬆綁法令並核准第一艘活魚運搬船可運搬至香港銷售，伴隨政府開放活魚運搬船直航大陸，雖已大幅擴大外銷數量，但仍面臨銷售大陸水產品需要10.5％關稅之成本影響，故石斑魚列入早收清單後，得以免除關稅，可降低產銷成本，提升產業競爭力。

　　漁業署說明，石斑魚以海水養殖為主，臺灣無論在種魚培育或繁養殖技術，均居世界領先地位及優勢，因應魚病對產業之衝擊，政府亦積極投入疫苗之生產研發及結合防檢疫與產業分工，發展技術門檻較高之健康魚苗之模組化生產，以進一步確保臺灣所掌握之種苗優勢。

　　臺灣擁有越冬養殖石斑的地理與氣候優勢，相較大陸因氣候溫度因素無法全年生產，臺灣更具競爭優勢；另臺灣較馬來西亞、印尼等東南亞國家鄰近市場，搭配本（99）年3月開放活魚運搬船直航大陸11個港口，業者可依據市場需求及各項水產品特性客製化生產並調配穩定供貨，創造更高的產業價值。

　　另為創造更佳之石斑魚生產環境，降低對地下水之依賴，漁業署持續投入養殖區海水統籌供應系統及進排水之興設改善工程，99至100年間，將再投入1億5,000萬餘元繼續推動主要養殖區海水統籌供應，以提高石斑魚品質及進一步增加養殖面積與產量。

　　漁業署強調，兩岸簽訂ECFA後，部分業者已赴大陸投資佈局，為減低投資大陸可能之風險，建議業者應配合產業政策將關鍵技術留在臺灣，並查詢是否為政府准許之投資項目，瞭解合約內容與土地法規等規定，多方聽取當地台商意見並做好查證，最好能先洽詢財團法人海峽交流基金會及行政院大陸委員會瞭解大陸投資保障相關規範與協助事項，以保障自身權益。另政府亦已著手協商及爭取儘速於下次江陳會討論簽訂投資保障協定，俾更進一步保障我國產業及業者之權益。