針對媒體報導「執行力，才是執政黨罩門，指出莫拉克颱風重建特別預算執行不力」乙節，漁業署對此表示，莫拉克災後逾一年，在中央、地方政府及養殖漁民們共同努力下，已完成全國逾9成養殖漁業復建工作，其中重災區屏東縣已完成逾8成(597.69公頃)復養工作。同時，政府各部門研議突破法令限制，補助養殖災民利用疏浚砂石，客土魚塭310.7公頃改善魚塭底質，以及陸續推動補助養殖業者太陽能設施，以協助產業節能及產業競爭力，充分展現政府與民間合作之規劃及執行力。

漁業重建4年計畫 本年將完成階段性重建復養工作

　　漁業署表示，莫拉克風災特別預算為98-101年，經費分4年編列，包括短期內實施養殖漁業產業輔導專案措施，補助漁民復養相關資材，截至8月底計核撥7,819戶，5億9千餘萬元，復養魚塭面積約10,251公頃、牡蠣290.95公頃、125棚。另為迅速恢復養殖，補助辦理清淤或客土、魚塭消毒或水質改善、購買魚苗等漁業產業重建措施計畫，受益面積達1.4萬公頃。同時，莫拉克災後養殖設施復建工程7億元，已辦理跨年度漁業復建工程核定45件5.9億元工程，迄今完工26件，辦理養殖魚塭集中排水路基礎設施復建與海水供應設施整建等，使受損較輕之高雄縣及臺南縣在98年已恢復養殖並陸續供貨，另屏東縣林邊災後投入復養生產之魚貨亦自99年6月10日陸續開始出貨，迄今已完成全國逾9成復養成果，預計本(99)年底完成階段性重建復養工作。針對前階段將重心放在計畫推動之各縣(市)政府，漁業署已函催儘快將辦畢計畫經費核銷，俾反映實際執行進度。

動態檢討調整計畫 回應產業實際需求及因應未來

　　漁業署指出，本次莫拉克風災後暴露出現行養殖漁業管理仍有諸多工作待落實，為輔導受災之養殖產業轉型升級為兼顧環境永續新面貌，除積極推動水產養殖綠能系統計畫外，現正核定莫拉克災後養殖漁業管理體系強化計畫，加強種魚、繁養殖場管理工作；另因應災後養殖環境大幅改變，該署將與防檢局、水產試驗所及縣防治(疫)所體系等共同合作，補助屏東魚塭復養益生菌及做好虹彩、神經性病毒等病原防治工作，規劃補助設置隔離養殖設施及發展室內無特定病原(SPF)生產模組，俾降低病原感染風險及天然災害受損害程度。
另為減少地下水使用及發展海水養殖，經檢討調整可動支預算約10億元經費，變更辦理林邊示範區工程或產業輔導及擴大投入改善災後生產區環境之海水供排水路之整建，並配合石斑魚產值倍增計畫，以整建(不增加)屏東(地層下陷)地區養殖環境、擴大高雄永安LNG冷排水供應面積等，達到發展海水石斑魚產值倍增之目標。

化危機為轉機 建構更優質養殖環境

　　漁業署最後表示，政府辦理漁業產業重建，不以完成恢復受災前之養殖規模為滿足，該署為能建構更優質養殖環境及因應產業之實際需求，計畫在政府核定4年期限內，進一步以動態管理精神及大破大立新思維，逐步依序執行及檢討管理莫拉克漁業產業重建計畫與內容項目，同時督請縣(市)政府加速計畫之執行，俾讓莫拉克風災所帶來產業危機，變成養殖產業提升競爭力之轉機。為免外界誤解政府缺乏專業、規劃及執行力，特發布新聞向關心漁業重建各界人士說明。