針對9月29日綠色和平組織（Greenpeace）指出『非法漁船橫行，漁業署無力管理，綠色和平籲臺支持國際漁業保育方案』，漁業署1日表示，為善盡責任制漁業，我國業遵守國際漁業組織通過之養護管理措施，在大西洋鮪類資源保育委員會(ICCAT)48國中，僅6國未被認定或關切，我國為前述6個漁業管理上軌道國家之一，對於我國人經營之遠洋漁船，如涉及違規，均依法核處。

　　Greenpeace指控我國未善盡對國人經營外籍漁船管理部分，漁業署說明，依據聯合國海洋法公約第94條規定「每個國家應對懸掛該國旗幟的船舶有效地行使行政、技術及社會事項上的管轄和控制」，根據前述規定，船舶管轄權屬於船旗國。我國為掌握國人經營外籍漁船之資訊，已較其他遠洋漁業國家更進一步，在97年12月間通過「投資經營非我國籍漁船管理條例」，如國人投資比例超過50%或達到一定金額以上者須依規定申報，惟外籍漁船管理牽涉船旗國，仍須相關國家配合。對於國人經營外籍漁船如涉及非法、未報告、未受規範（IUU）漁撈行為，將依規定核處。以近期我國人涉嫌以「URAL 1」漁船從事流網案例，漁業署已將相關涉案人移送司法單位偵辦，追究其刑事責任。另Greenpeace呼籲我國支持國際保育方案，對圍網漁船作業進行限制部分，中西太平洋漁業委員會（WCPFC）08-01已決議自98年禁用人工集魚器（FAD）60天，99及100年禁用 FAD 90天；自99年起關閉南北緯20度間之2個袋狀公海，迄今我國圍網漁船均遵守前述規定。

　　漁業署強調，永續利用漁業資源及遵守國際漁業組織養護管理措施已是普世價值，將持續依據國際規範落實執行管理，並要求我國相關業者遵守。