粒線體 DNA 片段型是鑑別種豬之雌親遺傳特徵的方法之一。而現行三品種雜交肉豬生產體系中，常以藍瑞斯(L)種為母系來與配約克夏(Y)公豬生產雜交一代女豬，二品女豬具有繁殖性能上的雜交優勢，故純化母系的選育工作至為重要。但因種豬的外表型認定所進行的品系純化選育工作，有時因飼養管理而發生無法區分其雌親來源的困境，故開發一項純化母系的檢測技術為本試驗之目標。本試驗應用純種 L、Y、杜洛克(D)、漢布夏(H)、迷你型蘭嶼豬(M)、桃園豬(T)等雌親品種及其雜交後裔豬之肝臟樣塊進行粒線體 DNA片段型分析。試驗一計有 51 頭豬之肝樣塊粒線體，使用限制 Hind III 來分切其 DNA 成片段，粒線體 DNA 均被 Hind III 分切成四個片段，並無品種的差別存在。經改以 Stu I 來分切，L、D 和 H 等雌親品種豬之粒線體 DNA 被分切成九個片段，而 Y、M 和 T 品種豬之粒線體 DNA 被切為八個片段。以 Bgl II 來分切粒線體 DNA 時，則粒線體 DNA 被分切開為三個片段的品種有 L、D 和 H；分切為兩個片段者有 M，而分切為一個片段者有 Y 和 T。顯示品種差異可以限制 Bgl II 區分為三群，且雜交後裔豬均呈現其雌親品種的片段型；經粒線體 DNA 遺傳組成變異估算得到六個品種豬之類緣關係以 Y、T 和 M 較為接近。試驗二則以六頭公仔豬的肝臟、肌肉和睪丸樣塊進行限制 Hind III、Bgl II、Stu I、Eco RⅤ、Pst I 和 Pvu II 之 RFLP 比較，顯示不同組織細胞萃取的粒線體 DNA 之 RFLP 分析可依樣材取得之方便性即可進行。試驗三針對送到臺灣省畜產試驗所種豬性能檢定站參檢的 27 頭D，45 頭 L 和 22 頭 Y 品種女豬，進行肝臟細胞粒線體 DNA 萃取，以 Bgl II 來分切其DNA 成片段，D 女豬均具三個片段型，而有 11.1 %(5/45)的 L 女豬具單一片段型(L1 型)，及有 40.9 %(9/22)的 Y 女豬具三個片段型(Y3 型)，顯示白色純種豬在外觀登錄為 L 與 Y 品種者均含有二種 Bgl II 之粒線體 DNA 分切片段型。進一步比較這些在外觀登錄上相同但具不同的粒線體 DNA 片段型女豬之生長和屠體性狀，發現 L1 型女豬之選拔指數較 L3 型略高，而 Y3 型女豬之選拔指數和瘦肉率均較 Y1 型略低。若欲進行品種和品系純化選育工作，則應及早建立種豬的雌親粒線體遺傳鑑別系統，以提昇品系的遺傳純度。